Średnia głębokość Zalewu wynosi 2,6 m (max. 5 m). W środkowej części toru wodnego głębokość żeglowna wynosi ok. 3 m. Zalew może być bezpiecznie użytkowany przez jednostki o zanurzeniu ok. 1,5 m.

Zalew Wiślany stanowi morskie wody wewnętrzne, a żegluga na tym akwenie podlega przepisom ustanowionym dla akwenów morskich. Jednostki muszą spełniać wymogi bezpieczeństwa morskiego i poruszać się po wyznaczonych torach wodnych. Chcąc skierować się z głównego toru wodnego Zalewu do portów, należy trzymać się torów podejściowych i kierować się na nabieżniki. Jest to praktyka znana żeglarzom morskim, ale może stanowić novum dla wodniaków i żeglarzy śródlądowych.

Przez akwen przechodzi granica województwa pomorskiego i warmińsko-mazurskiego. Nad Zalewem znajdują się następujące miejscowości portowe: Kamienica Elbląska, Nabrzeże, Suchacz, Kadyny, Tolkmicko, Frombork, Nowa Pasłęka (woj. warmińsko-mazurskie) oraz Kąty Rybackie, Krynica Morska, Piaski (woj. pomorskie).