Zalew Wiślany ma charakter morskich wód wewnętrznych. Występuje tu morskie oznakowanie nawigacyjne i zarządza nim administracja Urzędu Morskiego. Zalew to duży akwen o powierzchni 838 km2, z czego 328 km2 (40%) leży po stronie polskiej, a pozostała część – zwana Zalew Kaliningradzki – po stronie rosyjskiej. Jest to drugi największy zbiornik wodny na południowym brzegu Bałtyku. Większy od niego jest tylko Zalew Kuroński położony w zachodniej części Litwy, połączony z Zalewem Wiślanym rzekami Pregoła i Dejma. Długość Zalewu Wiślanego wynosi 90,7 km (część polska: 35,1 km), a szerokość od 6,8 km do 13 km. Zalew Jest akwenem płytkim – średnia głębokość wynosi 2,7 m. Polskie wody Zalewu mają powierzchnię prawie trzykrotnie większą od największego w kraju jeziora Śniardwy.
Polska cześć Zalewu Wiślanego posiada jedynie pośrednie połączenie z wodami Bałtyku, poprzez Szkarpawę i Wisłę. Po stronie rosyjskiej Zalew Kaliningradzki łączy się z Morzem Bałtyckim poprzez Cieśninę Piławską, zwaną również Cieśniną Bałtyjską. Dalej w stronę Kaliningradu wiedzie tor wodny: Kanał Kaliningradzki, w którym utrzymywana jest głębokość na poziomie 10-11 metrów (ze względów handlowych i militarnych). Zalew Wiślany łączy sieci polskich i zachodnioeuropejskich śródlądowych dróg wodnych z wodami rosyjskimi i litewskimi.
Południowa część Zalewu Wiślanego nosi nazwę Zatoki Elbląskiej. To bardzo płytka część Zalewu (1-1,5 m), na której skraju utrzymywany jest tor wodny o głębokości min. 2,2 m. Nad Zatoką Elbląską znajdują się niewielkie przystanie dostępne dla jachtów o zanurzeniu do 1,5 m: Suchacz, Kamienica Elbląska, Jagodna. W1991 roku utworzono tu Rezerwat Przyrody Zatoka Elbląska.
Porty i przystanie. Po stronie warmińsko-mazurskiej znajdują się przystanie: Kamienica Elbląska, Nabrzeże, Suchacz, Kadyny, Tolkmicko, Frombork, Nowa Pasłęka. Po stronie północnej Zalewu, administrowanej przez woj. pomorskie leżą kolejno: Kąty Rybackie, Krynica Morska, Piaski.
Oznakowanie nawigacyjne na Zalewie Wiślanym. Latarnia morska w Krynicy Morskiej jest najdalej na wschód wysuniętą latarnią w Polsce. Światło i sylweta latarni widoczne są z otwartego morza, jak i Zalewu Wiślanego.
Ze względu na płytkość Zalewu Wiślanego, żegluga jest możliwa tylko po wyznaczonych torach wodnych. Tor wodny prowadzi od ujścia Wisły Królewieckiej, Szkarpawy i Zatoki Elbląskiej, do granicy państwowej.
Na sztucznie utworzonych postumentach zamontowano „stawy” – światła nawigacyjne na kratowych wieżach, które wyznaczają tor wodny Zalewu Wiślanego. Pławy kardynalne z kombinacją koloru żółtego i czarnego oraz czarnymi stożkami wyznaczają skrajne punkty płycizn i mielizn oraz innych miejsc niebezpiecznych. Pławy oznakowania bocznego (zielone i czerwone) wyznaczają skraje toru wodnego i torów podejściowych. Białoczerwone i zielono-czerwone pławy wyznaczają granicę państwową. Podejście do portu wyznaczają nabieżniki.
Miejsca niebezpieczne na Zalewie Wiślanym.